Alkisah pada zaman dahulu kala di Jawa Tengah terdapat dua kerajaan yang bertetangga, Kerajaan Pengging dan Boko. Pengging adalah kerajaan yang subur dan makmur, dipimpin oleh seorang raja yang bijaksana bernama Prabu Damar Moyo. Prabu Damar Moyo memiliki putra bernama Raden Bandung Bondowoso, seorang ksatria yang gagah perkasa dan sakti. Sedangkan kerajaan Boko dipimpin oleh raja denawa (raksasa) pemakan manusia yang kejam bernama Prabu Boko. Dalam memerintah kerajaannya, Prabu Boko dibantu oleh seorang Patih bernama Patih Gupolo yang juga adalah raksasa. Akan tetapi meskipun berasal dari bangsa raksasa, Prabu Boko memiliki putri yang sangat cantik jelita bernama Loro Jonggrang. Prabu Boko berhasrat memperluas kerajaannya dan merebut kerajaan Pengging, karena itu bersama Patih Gupolo mereka melatih balatentara dan menarik pajak dari rakyat untuk membiayai perang.
Setelah persiapan matang, Prabu Boko beserta balatentaranya menyerbu kerajaan Pengging. Pertempuran hebat meletus di kerajaan Pengging antara tentara kerajaan Boko dan tentara kerajaan Pengging. Banyak korban jatuh dari kedua belah pihak. Akibat pertempuran ini rakyat Pengging menderita kelaparan, kehilangan harta benda, banyak diantara mereka yang tewas. Demi mengalahkan para penyerang, Prabu Damar Moyo mengirimkan putranya, Pangeran Bandung Bondowoso untuk bertempur melawan Prabu Boko. Pertempuran antara keduanya begitu hebat, dan berkat kesaktiannya Bandung Bondowoso berhasil mengalahkan dan membunuh Prabu Boko. Ketika Patih Gupolo mendengar kabar kematian junjungannya, ia segera melarikan diri mundur kembali ke kerajaan Boko.
Pangeran Bandung Bondowoso mengejar Patih Gupolo hingga kembali ke kerajaan Boko. Ketika Patih Gupolo tiba di Keraton Boko, ia segera melaporkan kabar kematian Prabu Boko kepada Putri Rara Jongrang. Mendengar kabar duka ini sang putri bersedih dan meratapi kematian ayahandanya. Setelah kerajaan Boko jatuh ke tangan balatentara Pengging, Pangeran Bandung Bondowoso menyerbu masuk ke dalam Keraton (istana) Boko. Ketika pertama kali melihat Putri Loro Jonggrang, seketika Bandung Bondowoso terpikat, terpesona kecantikan sang putri yang luar biasa. Saat itu juga Bandung Bondowoso jatuh cinta dan melamar Loro Jonggrang untuk menjadi istrinya. Akan tetapi sang putri menolak lamaran itu, tentu saja karena ia tidak mau menikahi pembunuh ayahandanya dan penjajah negaranya. Bandung Bondowoso terus membujuk dan memaksa agar sang putri bersedia dipersunting. Akhirnya Loro Jonggrang bersedia dinikahi oleh Bandung Bondowoso, tetapi sebelumnya ia mengajukan dua syarat yang mustahil untuk dikabulkan. Syarat pertama adalah ia meminta dibuatkan sumur yang dinamakan sumur Jalatunda, syarat kedua adalah sang putri minta Bandung Bondowoso untuk membangun seribu candi untuknya. Meskipun syarat-syarat itu teramat berat dan mustahil untuk dipenuhi, Bandung Bondowoso menyanggupinya.
Segera dengan kesaktiannya sang pangeran berhasil menyelesaikan sumur Jalatunda. Setelah sumur selesai, dengan bangga sang Pangeran menunjukkan hasil karyanya. Putri Loro Jonggrang berusaha memperdaya sang pangeran dengan membujuknya untuk turun ke dalam sumur dan memeriksanya. Setelang Bandung Bondowoso masuk ke dalam sumur, sang putri memerintahkan Patih Gupolo untuk menutup dan menimbun sumur dengan batu, mengubur Bondowoso hidup-hidup. Akan tetapi Bandung Bondowoso yang sakti dan kuat gagah perkasa berhasil keluar dengan mendobrak timbunan batu itu. Sang pangeran sempat dibakar kemarahan akibat tipu daya sang putri, akan tetapi berkat kecantikan dan bujuk rayunya, sang putri berhasil memadamkan kemarahan sang pangeran.
Untuk mewujudkan syarat kedua, sang pangeran bersemadi dan memanggil makhluk halus, jin, setan, dan dedemit dari dalam bumi. Dengan bantuan makhluk halus ini sang pangeran berhasil menyelesaikan 999 candi. Ketika Loro Jonggrang mendengar kabar bahwa seribu candi sudah hampir rampung, sang putri berusaha menggagalkan tugas Bondowoso. Ia membangunkan dayang-dayang istana dan perempuan-perempuan desa untuk mulai menumbuk padi. Ia kemudian memerintahkan agar membakar jerami di sisi timur. Mengira bahwa pagi telah tiba dan sebentar lagi matahari akan terbit, para makhluk halus lari ketakutan bersembunyi masuk kembali ke dalam bumi. Akibatnya hanya 999 candi yang berhasil dibangun dan Bandung Bondowoso telah gagal memenuhi syarat yang diajukan Loro Jonggrang. Ketika mengetahui bahwa semua itu adalah hasil kecurangan dan tipu muslihat Loro Jonggrang, Bandung Bondowoso amat murka dan mengutuk Loro Jonggrang menjadi batu. Maka sang putri pun berubah menjadi arca yang terindah untuk menggenapi candi terakhir. Menurut kisah ini situs Keraton Ratu Boko di dekat Prambanan adalah istana Prabu Boko, sedangkan 999 candi yang tidak rampung kini dikenal sebagai Candi Sewu, dan arca Durga di ruang utara candi utama di Prambanan adalah perwujudan sang putri yang dikutuk menjadi batu dan tetap dikenang sebagai Lara Jonggrang yang berarti "gadis yang ramping".
